[Bkchem-user] OASA cannot depict multifragment molecules

[Vágó István]

Hello,
I have problem depicting mulifragment mol files with OASA cairo_out. It breaks with AssertionError.
Is it a limitation of OASA, or I do something wrong? Here is the traceback I got:

Traceback (most recent call last):
  File "tetttt.py", line 22, in ?
    cairo_out.mol_to_cairo( mol, "mol.png", format="png",show_hydrogens_on_hetero=True,line_width=1,font_size=8,bond_width=3)

  File "/home/zope/lib/python2.4/site-packages/oasa/cairo_out.py", line 785, in mol_to_cairo
    c.mol_to_cairo( mol, filename, format=format)
  File "/home/zope/lib/python2.4/site-packages/oasa/cairo_out.py", line 257, in mol_to_cairo
    return self.mols_to_cairo( [mol], filename, format=format)
  File "/home/zope/lib/python2.4/site-packages/oasa/cairo_out.py", line 222, in mols_to_cairo
    [self.draw_mol( mol) for mol in mols]
  File "/home/zope/lib/python2.4/site-packages/oasa/cairo_out.py", line 162, in draw_mol
    self._draw_edge( e)
  File "/home/zope/lib/python2.4/site-packages/oasa/cairo_out.py", line 387, in _draw_edge
    for ring in self.molecule.get_smallest_independent_cycles():
  File "/home/zope/lib/python2.4/site-packages/oasa/graph/graph.py", line 373, in get_smallest_independent_cycles
    return map( self.edge_subgraph_to_vertex_subgraph, self.get_smallest_independent_cycles_e())
  File "/home/zope/lib/python2.4/site-packages/oasa/graph/graph.py", line 472, in get_smallest_independent_cycles_e
    assert self.is_connected()
AssertionError

And one molfile:

  -ISIS-  03090914072D

 19 18  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
    4.5792    0.4375    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.5792   -0.3875    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    5.2912   -0.7958    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    6.0032   -0.3875    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    6.0032    0.4375    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    5.2912    0.8542    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    5.2912   -1.6208    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    6.0057   -2.0333    0.0000 C   0  0  3  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    6.0057   -2.8583    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    6.7201   -1.6208    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    7.4346   -2.0333    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.2417   -0.2833    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.9561    0.1292    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.5272    0.1292    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.2417   -1.1083    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.5272   -1.5208    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.5272   -2.3458    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.8127   -2.7583    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.2417   -2.7583    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  8  9  1  0  0  0  0
  1  6  1  0  0  0  0
  8 10  1  0  0  0  0
  2  3  2  0  0  0  0
 10 11  1  0  0  0  0
  3  4  1  0  0  0  0
  4  5  1  0  0  0  0
 12 13  2  0  0  0  0
  5  6  1  0  0  0  0
 12 14  1  0  0  0  0
 12 15  1  0  0  0  0
  3  7  1  0  0  0  0
 15 16  2  0  0  0  0
 16 17  1  0  0  0  0
  7  8  1  0  0  0  0
 17 18  2  0  0  0  0
  1  2  1  0  0  0  0
 17 19  1  0  0  0  0
M  END

UI: Stripping salts with openbabel solves the issue, but it would be more elegant to do it without stripping.

Istvan