Je n'ai pas encore eu le temps de découvrir Audacity, cependant:
J'ai commencé par ouvrir un fichier ogg qui a été généré par OggConvert à partir d'un fichier midi, lui-même généré par lilypond. J'ai pu le lire ce ogg sans problèmes.
Ensuite, j'ai importé le fichier midi correspondant, et Audacity a pu le lire. L'interface graphique est devenue différente (affichage d'un clavier de piano)...
Enfin, j'ai lu vos e-mail, et avant de vous répondre que chez moi, ça semblait fonctionner, j'ai essayé de commencer par importer le midi. Là, effectivement, ça n'a pas marché.
Alors j'ai réessayé le ogg, puis le midi, et là, de nouveau le succès était au rendez-vous.
Ne connaissant pas encore le programme, je n'ai pas essayé de manipuler le midi. Mais vu que l'interface de lecture fonctionne correctement, tous les espoirs restent permis.
Il y a donc un chemin possible:
lilypond => midi => OggConvert => ogg => Audacity
ensuite:
midi => Audacity
C'est peut-être un peu compliqué, mais si ça tourne comme ça, moi, ça me convient.