Bonjour,
je ne vois pas où peut être l’erreur, mais voici ce que nous dit la documentation de LilyPond (2.18)
http://lilypond.org/doc/v2.18/Documentation/notation/bars.fr.html :
Rien ne s’oppose à ce que la dernière note d’une mesure ne s’arrête
avant la barre de mesure ; on considère simplement qu’elle se
prolonge sur la mesure suivante. Des débordements à répétition
finissent par générer une musique comprimée ou qui sort de la page, pour
la simple et bonne raison que les sauts de ligne automatiques ne peuvent
intervenir qu’à la fin d’une mesure complète, autrement dit lorsque
toutes les notes sont terminées avant la fin de la mesure.
Note : Une durée erronée peut empêcher les sauts de ligne, ce qui
conduit à une musique compressée, voire à un débordement de la page.
Comme tu as régulièrement des noires pointées sur la dernière croche d’une mesure, il se peut que LilyPond ait du mal à gérer ça (simple supposition) et que la version 2.19 corrige le défaut, comme l’a dit Eluze.
… À tâtons.
François