Re: [Getfem-users] Make Error

[soy yo]

Hi again,

I finally remove gcc 4.2 and rebuild everything with gcc 3.4.5.
Now there is no warning message, but loads of files are not compiled when doing 
"make", and so if I do "make check" 27 out of  28 tests fail.

What can i do to solve this problem?

Here i write you down the outputs i get:

>> ./configure BLAS_LIBS="-L/usr/lib/atlas/lib/ -latlas -lf77blas" 
>> --enable-matlab MEX=/opt/matlab2006b/bin/mex --enable-shared 
>> --prefix=/opt/GetFem++/ 

>> make
//////////loads of output////////////
//////////loads of output////////////
//////////loads of output////////////
integ.o .libs/getfemint_pgt.o .libs/getfemint_convex_structure.o 
.libs/getfemint_mdbrick.o .libs/getfemint_levelset.o .libs/getfemint_
mesh_levelset.o .libs/getfemint_gsparse.o .libs/getfemint_gsparse_misc.o
ranlib .libs/libgetfemint.a
creating libgetfemint.la
(cd .libs && rm -f libgetfemint.la && ln -s ../libgetfemint.la libgetfemint.la)
make[4]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src'
Making all in matlab
make[4]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab'
Making all in @gfCvStruct
make[5]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfCvStruct'
make[5]: No se hace nada para `all'.
make[5]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfCvStruct'
Making all in @gfEltm
make[5]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfEltm'
make[5]: No se hace nada para `all'.
make[5]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfEltm'
Making all in @gfFem
make[5]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfFem'
make[5]: No se hace nada para `all'.
make[5]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfFem'
Making all in @gfGeoTrans
make[5]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfGeoTrans'
make[5]: No se hace nada para `all'.
make[5]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfGeoTrans'
Making all in @gfInteg
make[5]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfInteg'
make[5]: No se hace nada para `all'.
make[5]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfInteg'
Making all in @gfMesh
make[5]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfMesh'
make[5]: No se hace nada para `all'.
make[5]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfMesh'
Making all in @gfMeshFem
make[5]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfMeshFem'
make[5]: No se hace nada para `all'.
make[5]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfMeshFem'
Making all in @gfMeshIm
make[5]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfMeshIm'
make[5]: No se hace nada para `all'.
make[5]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfMeshIm'
Making all in @gfSpmat
make[5]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfSpmat'
make[5]: No se hace nada para `all'.
make[5]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfSpmat'
Making all in @gfPrecond
make[5]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfPrecond'
make[5]: No se hace nada para `all'.
make[5]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfPrecond'
Making all in @gfSlice
make[5]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfSlice'
make[5]: No se hace nada para `all'.
make[5]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfSlice'
Making all in @gfMdBrick
make[5]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfMdBrick'
make[5]: No se hace nada para `all'.
make[5]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfMdBrick'
Making all in @gfMdState
make[5]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfMdState'
make[5]: No se hace nada para `all'.
make[5]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfMdState'
Making all in @gfLevelSet
make[5]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfLevelSet'
make[5]: No se hace nada para `all'.
make[5]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfLevelSet'
Making all in @gfMeshLevelSet
make[5]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfMeshLevelSet'
make[5]: No se hace nada para `all'.
make[5]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/@gfMeshLevelSet'
Making all in private
make[5]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/private'
make[5]: No se hace nada para `all'.
make[5]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab/private'
make[5]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab'
/opt/matlab2006b/bin/mex -output gf_matlab -g CDEBUGFLAGS="-O3" 
LD="/usr/local/gcc/3.4.5/bin/g++" \
        -I. -I./.. -DMATLAB_RELEASE=14 \
        ./gfm_mex.c ./gfm_common.c ./../gfi_array.c \
        ../.libs/libgetfemint.a ../../../src/.libs/libgetfem.a  
-L/usr/lib/atlas/lib/ -latlas -lf77blas  || (rm gf_matlab.mexglx; false)
make[5]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab'
make[4]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src/matlab'
make[3]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/src'
Making all in tests
make[3]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/tests'
Making all in meshes
make[4]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/tests/meshes'
make[4]: No se hace nada para `all'.
make[4]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/tests/meshes'
Making all in python
make[4]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/tests/python'
make[4]: No se hace nada para `all'.
make[4]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/tests/python'
Making all in matlab
make[4]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/tests/matlab'
Making all in private
make[5]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/tests/matlab/private'
make[5]: No se hace nada para `all'.
make[5]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/tests/matlab/private'
make[5]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/tests/matlab'
make[5]: No se hace nada para `all-am'.
make[5]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/tests/matlab'
make[4]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/tests/matlab'
make[4]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/tests'
make[4]: No se hace nada para `all-am'.
make[4]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/tests'
make[3]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/tests'
Making all in bin
make[3]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/bin'
make[3]: No se hace nada para `all'.
make[3]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface/bin'
make[3]: se ingresa al directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface'
make[3]: No se hace nada para `all-am'.
make[3]: se sale del directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface'
make[2]: se sale del directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/interface'
Making all in contrib
make[2]: se ingresa al directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/contrib'
Making all in icare
make[3]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/contrib/icare'
make[3]: No se hace nada para `all'.
make[3]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/contrib/icare'
Making all in delaminated_crack
make[3]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/contrib/delaminated_crack'
make[3]: No se hace nada para `all'.
make[3]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/contrib/delaminated_crack'
Making all in bimat_contact_crack_test
make[3]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/contrib/bimat_contact_crack_test'
make[3]: No se hace nada para `all'.
make[3]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/contrib/bimat_contact_crack_test'
Making all in static_friction
make[3]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/contrib/static_friction'
make[3]: No se hace nada para `all'.
make[3]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/contrib/static_friction'
Making all in bimaterial_crack_test
make[3]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/contrib/bimaterial_crack_test'
make[3]: No se hace nada para `all'.
make[3]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/contrib/bimaterial_crack_test'
Making all in mixed_elastostatic
make[3]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/contrib/mixed_elastostatic'
make[3]: No se hace nada para `all'.
make[3]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/contrib/mixed_elastostatic'
Making all in xfem_contact
make[3]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/contrib/xfem_contact'
make[3]: No se hace nada para `all'.
make[3]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/contrib/xfem_contact'
Making all in crack_plate
make[3]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/contrib/crack_plate'
make[3]: No se hace nada para `all'.
make[3]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/contrib/crack_plate'
Making all in aposteriori
make[3]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/contrib/aposteriori'
make[3]: No se hace nada para `all'.
make[3]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/contrib/aposteriori'
Making all in inter_element_test
make[3]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/contrib/inter_element_test'
make[3]: No se hace nada para `all'.
make[3]: se sale del directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/contrib/inter_element_test'
make[3]: se ingresa al directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/contrib'
make[3]: No se hace nada para `all-am'.
make[3]: se sale del directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/contrib'
make[2]: se sale del directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/contrib'
Making all in tests-2.0
make[2]: se ingresa al directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/tests-2.0'
make[2]: No se hace nada para `all'.
make[2]: se sale del directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/tests-2.0'
Making all in bin
make[2]: se ingresa al directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/bin'
make[2]: No se hace nada para `all'.
make[2]: se sale del directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/bin'
make[2]: se ingresa al directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4'
make[2]: se sale del directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4'
make[1]: se sale del directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4'


>> make check
Making check in m4
make[1]: se ingresa al directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/m4'
make[1]: No se hace nada para `check'.
make[1]: se sale del directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/m4'
Making check in cubature
make[1]: se ingresa al directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/cubature'
make[1]: No se hace nada para `check'.
make[1]: se sale del directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/cubature'
Making check in superlu
make[1]: se ingresa al directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/superlu'
make[1]: No se hace nada para `check'.
make[1]: se sale del directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/superlu'
Making check in src
make[1]: se ingresa al directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/src'
make[1]: No se hace nada para `check'.
make[1]: se sale del directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/src'
Making check in tests
make[1]: se ingresa al directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/tests'
Making check in meshes
make[2]: se ingresa al directorio 
`/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/tests/meshes'
make[2]: No se hace nada para `check'.
make[2]: se sale del directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/tests/meshes'
make[2]: se ingresa al directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/tests'
make  dynamic_array dynamic_tas test_int_set test_tree_sorted poly 
test_small_vector test_kdtree test_rtree test_mesh test_slice integration 
geo_trans_inv test_mat_elem test_interpolation test_assembly test_norm 
test_interpolated_fem laplacian elastostatic stokes helmholtz plate 
nonlinear_elastostatic schwarz_additive  plasticity dynamic_friction bilaplacian
make[3]: se ingresa al directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/tests'
if /usr/local/gcc/3.4.5/bin/g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I.. -I../src -I../src  
 -DGMM_USES_BLAS  -O3 -Wall -W -fmessage-length=0 -ftemplate-depth-40 -pedantic 
-Wshadow -Wpointer-arith -Wcast-qual -Wwrite-strings -Wconversion 
-Wredundant-decls -Wno-long-long -MT dynamic_array.o -MD -MP -MF 
".deps/dynamic_array.Tpo" -c -o dynamic_array.o dynamic_array.cc; \
        then mv -f ".deps/dynamic_array.Tpo" ".deps/dynamic_array.Po"; else rm 
-f ".deps/dynamic_array.Tpo"; exit 1; fi
/bin/sh ../libtool --tag=CXX --mode=link /usr/local/gcc/3.4.5/bin/g++  -O3 
-Wall -W -fmessage-length=0 -ftemplate-depth-40 -pedantic -Wshadow 
-Wpointer-arith -Wcast-qual -Wwrite-strings -Wconversion -Wredundant-decls 
-Wno-long-long   -o dynamic_array  dynamic_array.o ../src/libgetfem.la -lm  
-rdynamic -L/usr/lib/atlas/lib/ -latlas -lf77blas
mkdir .libs
/usr/local/gcc/3.4.5/bin/g++ -O3 -Wall -W -fmessage-length=0 
-ftemplate-depth-40 -pedantic -Wshadow -Wpointer-arith -Wcast-qual 
-Wwrite-strings -Wconversion -Wredundant-decls -Wno-long-long -o 
.libs/dynamic_array dynamic_array.o -rdynamic  ../src/.libs/libgetfem 
-L/usr/lib/atlas/lib/ /usr/local/gcc/3.4.5/lib/libstdc++.so 
-L/home/Pepe/Desktop/gcc-3.4.
//////////loads of output////////////
//////////loads of output////////////
//////////loads of output////////////
-Wredundant-decls -Wno-long-long -o .libs/bilaplacian bilaplacian.o -rdynamic  
../src/.libs/libgetfem -L/usr/lib/atlas/lib/ 
/usr/local/gcc/3.4.5/lib/libstdc++.so 
-L/home/Pepe/Desktop/gcc-3.4.5/i686-pc-linux-gnu/libstdc++-v3/src 
-L/home/Pepe/Desktop/gcc-3.4.5/i686-pc-linux-gnu/libstdc++-v3/src/.libs 
-L/home/Pepe/Desktop/gcc-3.4.5/gcc -lm -latlas -lf77blas -Wl,--rpath 
-Wl,/opt/GetFem++//lib -Wl,--rpath -Wl,/usr/local/gcc/3.4.5/lib
creating bilaplacian
make[3]: se sale del directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/tests'
make  check-TESTS
make[3]: se ingresa al directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/tests'
FAIL: ../tests/dynamic_array.pl
FAIL: ../tests/dynamic_tas.pl
FAIL: ../tests/test_int_set.pl
FAIL: ../tests/test_tree_sorted.pl
FAIL: ../tests/poly.pl
FAIL: ../tests/test_small_vector.pl
FAIL: ../tests/test_kdtree.pl
FAIL: ../tests/test_rtree.pl
FAIL: ../tests/geo_trans_inv.pl
FAIL: ../tests/test_norm.pl
FAIL: ../tests/test_mesh.pl
FAIL: ../tests/test_interpolation.pl
FAIL: ../tests/test_mat_elem.pl
FAIL: ../tests/test_slice.pl
FAIL: ../tests/integration.pl
FAIL: ../tests/test_assembly.pl
FAIL: ../tests/test_interpolated_fem.pl
./laplacian /tmp/laplacian.param_709  2>&1 failed
FAIL: ../tests/laplacian.pl
./elastostatic /tmp/elas.param_443  2>&1 failed
FAIL: ../tests/elastostatic.pl
FAIL: ../tests/stokes.pl
FAIL: ../tests/plate.pl
FAIL: ../tests/nonlinear_elastostatic.pl
FAIL: ../tests/dynamic_friction.pl
FAIL: ../tests/plasticity.pl
FAIL: ../tests/helmholtz.pl
FAIL: ../tests/schwarz_additive.pl
./bilaplacian /tmp/elas.param_836  2>&1 failed
FAIL: ../tests/bilaplacian.pl
Gmm tests : Making 1 execution of each test
Testing  ./gmm_torture01_lusolve.cc
Testing  ./gmm_torture05_mult.cc
Testing  ./gmm_torture06_mat_mult.cc
Testing  ./gmm_torture10_qr.cc
Testing  ./gmm_torture15_sub.cc
Testing  ./gmm_torture20_iterative_solvers.cc
..................................................

50 effective experiments with 1  fault, size = 29 base type : St7complexIfE
solver least square cg  : 0 exp. with no fault
solver bicgstab : 0 exp. with no fault
solver gmres    : 250 exp. with 1  fault, ratio = 0.004, average nb iter = 16.7
solver qmr      : 0 exp. with no fault
solver cg       : 200 exp. with no fault, ratio = 0, average nb iter = 32.2
no precond      : 100 exp. with no fault, ratio = 0, average nb iter = 34
diag precond    : 100 exp. with no fault, ratio = 0, average nb iter = 36.2
mr precond      : 0 exp. with no fault
ilu precond     : 50 exp. with no fault, ratio = 0, average nb iter = 1
ilut precond    : 50 exp. with 1  fault, ratio = 0.02, average nb iter = 14.8
ilutp precond   : 50 exp. with no fault, ratio = 0, average nb iter = 9.58
ildlt precond   : 50 exp. with no fault, ratio = 0, average nb iter = 1
ildltt precond  : 50 exp. with no fault, ratio = 0, average nb iter = 45.2
PASS: ../tests/make_gmm_test.pl
=====================
27 of 28 tests failed
=====================
make[3]: *** [check-TESTS] Error 1
make[3]: se sale del directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/tests'
make[2]: *** [check-am] Error 2
make[2]: se sale del directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/tests'
make[1]: *** [check-recursive] Error 1
make[1]: se sale del directorio `/home/Pepe/Desktop/getfem++-3.0.4/tests'
make: *** [check-recursive] Error 1

>>


Thank you in advance.

Pepe.







----------------------------------------
> Date: Wed, 7 May 2008 11:36:05 +0200
> From: address@hidden
> To: address@hidden
> CC: address@hidden
> Subject: RE: [Getfem-users] Make Error
> 
> 
>> -> /usr/local/gcc/3.4.5/bin/g++ -g -pthread -shared -m32
>> -Wl,--version-script,/opt/matlab2006b/extern/lib/glnx86/mexFunction.map -o
>> gf_matlab.mexglx  gfm_mex.o gfm_common.o gfi_array.o mexversion.o
>> ../.libs/libgetfemint.a ../../../src/.libs/libgetfem.a -L/usr/lib/atlas
>> -Wl,-rpath-link,/opt/matlab2006b/bin/glnx86 -L/opt/matlab2006b/bin/glnx86
>> -lmx -lmex -lmat -lm -lstdc++
>>
>> /usr/bin/ld:../.libs/libgetfemint.a: file format not recognized; treating as
>> linker script
> 
> That's a strange error, I have no idea.. did you try to do a make clean and 
> then
> rebuilt everything with g++ 3.4 ?
> 
> --
> Julien

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