Dear Roya,
one possible answer is: simply make your warmup longer. You need to increase the capping gradually until all overlaps settle down to reasonable values. Then your energy should be of a comparable order of magnitude with the number of particles. Your polymers are rather long, so the warmup may take long as well. How quickly it
evolves depends on your initial state and on the polymer length.
You could also consider a different warmup procedure, or a more different method to generate your initial state, such that you avoid overlaps.
With regards,
peter
Pokud je tento e-mail součástí obchodního jednání, Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy v Praze:
a) si vyhrazuje právo jednání kdykoliv ukončit a to i bez uvedení důvodu,
b) stanovuje, že smlouva musí mít písemnou formu,
c) vylučuje přijetí nabídky s dodatkem či odchylkou,
d) stanovuje, že smlouva je uzavřena teprve výslovným dosažením shody na všech náležitostech smlouvy.